不可以。你公司建设应急备用水源取水工程日取水5万立方米，应依法向四川省水利厅申请办理取水许可手续。根据《四川省取水许可和水资源费征收管理办法》（省政府令第258号）第十条第（五）款规定，同一项目各类取水口设计取水能力在地表水每天3万立方米以上（含3万立方米）的，由省人民政府水行政主管部门审批并发放取水许可证。